Оккупированная немцами Украина была разделена на специальные административные районы. В рейхскомиссариат «Украина» входили Ровенская, Волынская, Каменец-Подольская, Житомирская, Киевская, Полтавская области, северные районы Винницкой области, Николаевская (без западных районов), Кировоградская области, левобережные районы современных Херсонской и Запорожской областей, Днепропетровская и часть Запорожской областей. В дистрикт «Галиция», который был присоединен к генерал-губернаторству «Польша» вошли: Львовская, Станиславская, Дрогобычская области и большая часть территории Тернопольской области. Была образована административная единица Транснистрия, переданная под румынское управление. В ее состав вошли Молдавия и следующие области Украины: Одесская, западные районы Запорожской, а также части Винницкой и Николаевской области. Вся территория восточнее Днепра, куда входили большие районы Украины, в 1941–42 гг. находилась под юрисдикцией военной администрации.

Судьба евреев, оказавшихся на территориях, вошедших в румынскую оккупационную зону, несколько отличалась от судьбы евреев других оккупированных территорий Советского Союза. В июле–августе 1940 г. были созданы 10 гетто в Буковине, которая стала одной из провинций Румынии. До конца 1942 г. гетто в Буковине остались в лишь нескольких населенных пунктах: в Черновцах, где оно было создано 11 октября 1941 г., в котором первоначально было размещено около 20 тысяч человек, в Сучаве — 9 тысяч человек, Садагоре — 6,5 тыс., в Заставне — три тысячи, в Кицмани — 2,8 тыс. Остальные евреи Буковины были депортированы в 1941 г. в Транснистрию. С июля по январь 1941 г. в Транснистрию были депортированы 125 тыс. евреев из Бессарабии и Румынии, в том числе две тысячи евреев из Черновиц, высланных в октябре вскоре после создания гетто. Депортация проходила в чудовищных условиях и сопровождалась массовыми издевательствами и расстрелами. Под румынский контроль Транснистрия была передана в начале сентября 1941 г., а до этого времени областью управляли немецкие военные власти, которые осуществляли акции массового уничтожения как местных, так и депортированных евреев. В конце июля в Могилев-Подольский прибыло 25 тысяч евреев из Бессарабии. 4 тысячи были сразу расстреляны немцами, а остальные в жутких условиях скитались в окрестностях Могилев-Подольского до 17 августа, когда правительство Румынии дало согласие принять их в Бессарабии. При переправе через Днестр многих евреев застрелили или утопили в реке немецко-румынские солдаты. Уцелевшие были заключены в концентрационные лагеря. До февраля 1942 г. румыны проводили в Транснистрии массовые акции по уничтожению еврейского населения. С наибольшей жестокостью румыны вели себя в Одессе, где 16 октября 1941 г., в день оккупации города, оставалось около 100 тысяч евреев. После того, как 19–25 тыс. были сожжены заживо 22–25 октября (см. выше), остальные были депортированы в концентрационные лагеря Доманевка, Ахмечетка, Богдановка, где были расстреляны, сожжены заживо или погибли от голода и холода. Лишь несколько сот депортированных евреев Одессы остались в живых.

К концу февраля 1942 г. в Транснистрии оставались в живых 20–25 тысяч уцелевших местных евреев, 120 тыс. депортированных из Бессарабии и Одесской области, 55 тысяч из Буковины. В 1942–43 гг., когда начало меняться положения на советско-германских и других фронтах Второй мировой войны и усилилось давление на И. Антонеску представителя римского папы, румынской православной церкви и Совета евреев Румынии, положение евреев Транснистрии постепенно начало улучшаться. С начала 1942 г. депортированные из Бессарабии и Украины стали получать финансовую и продовольственную помощь еврейской общины Румынии, а с 1943 г. — международных еврейских организаций. В Транснистрии насчитывалось около 180 гетто, в которых были четкая система управления (во главе стоял президент общины), хорошо развитые службы, кустарное производство, больницы. Так, в гетто Жмеринки было создана девятилетняя школа, в которой было 250 учеников до 16 лет и 30 учителей. Среди прочих предметов обучения были иврит и идиш. Накануне освобождения в одном из крупнейших гетто Транснистрии — Могилеве-Подольском проживало около 19 тысяч евреев; в Черновцах после освобождения в апреле 1944 г. еврейское население составляло 17 341 человек. В гетто Бершади 11 марта 1944 г. было освобождено 11 129 евреев.

Опасения евреев Транснистрии и Румынии, что накануне освобождения во время боев немцы могут осуществить тотальное уничтожение всего еврейского населения, не оправдались в первую очередь благодаря активным действиям папского нунция в Румынии А. Кассуло, которого активно поддерживал Ватикан (см. выше). И. Антонеску, понимая, что Германия проигрывает войну, пытался наладить контакты с союзниками и был заинтересован выступить в роли спасителя евреев. В ультимативной форме он потребовал от властей нацистской Германии не осуществлять никаких акций по уничтожению евреев. Это требование в основном было выполнено. В то же время в тюрьме Тирасполя было расстреляно около тысячи евреев-заключенных. Хотя за время оккупации в Транснистрии погибло около 263 тысяч евреев, в том числе не менее 157 тысяч местных и более 88 тысяч депортированных, именно там уцелело подавляющее большинство оставшихся в живых евреев на территории Советского Союза.

Число уничтоженных евреев, которые были жителями Украины на 22 июня 1941 г., составляет более 1 млн. 400 тыс. человек (более половины всех советских евреев, погибших во время Катастрофы). Украина потеряла 60% своего довоенного еврейского населения.